Activités de recherche

Je suis actuellement maître de conférence à l'Université Paris 13 (Bobigny, France) au laboratoire LIMICS. Le LIMICS est issu de la fusion de deux laboratoires : le LIM&BIO (Université Paris 13) et l'ICS (Université Paris 6 et INSERM).

Mes recherches portent principalement sur :

• La visualisation d'information et de connaissances

• La représentation des connaissances

• L'aide à la décision

avec un domaine d'application médical, et notamment le médicaments.

Langage iconique en médecine

Un premier travail de recherche a porté sur la conception de VCM, un langage iconique de Visualisation des Connaissances Médicales. En effet, les connaissances médicales sont de plus en plus nombreuses. Lors des consultations, les professionnels de santé n'ont généralement pas le temps nécessaire pour consulter ces connaissances. C'est pourquoi nous proposons de faciliter l'accès aux connaissances avec les icônes. VCM représente sous forme d'icônes les principaux concepts médicaux (pathologies, caractéristiques du patient, traitements, surveillances,...). L'objectif n'est pas de supprimer le texte, mais de l'enrichir avec des icônes pour permettre de filtrer rapidement l'information et d'arriver tout de suite aux passages importants du texte, dans une situation donnée.

Au cours de ma thèse, j'ai conçu le langage VCM sur de solides bases médicales et cognitives, ainsi que les interfaces graphiques associées. Ces outils ont été appliqués aux connaissances sur le médicament, et notamment aux Résumés des Caractéristiques Produits (RCP, monographie), puis évalués dans des conditions contrôlées.

Des travaux ultérieurs sur VCM ont conduit à son utilisation dans plusieurs produits industriels :

• Vidal Recos par Vidal

• éO Médecin par Silk Informatique

• Crossway Hopital par McKesson

• au Centre d'expertise en santé de Sherbrooke

Principales publications sur ce sujet : (voir toutes mes publications)

Lamy JB, Soualmia LF. Formalization of the semantics of iconic languages: An ontology-based method and four semantic-powered applications. Knowledge-Based System 2017;135:159-179

Lamy JB, Duclos C, Bar-Hen A, Ouvrard P, Venot A. An iconic language for the graphical representation of medical concepts. BMC Medical Informatics and Decision Making 2008;8:16

Lamy JB, Venot A, Bar-Hen A, Ouvrard P, Duclos C. Design of a graphical and interactive interface for facilitating access to drug contraindications, cautions for use, interactions and adverse effects. BMC Medical Informatics and Decision Making 2008;8:21

Pereira S, Hassler S, Hamek S, Boog C, Leroy N, Beuscart-Zéphir MC, Favre M, Venot A, Duclos C, Lamy JB. Improving access to clinical practice guidelines with an interactive graphical interface using an iconic language. BMC medical informatics and decision making 2014;14(1):77

Griffon N, Kerdelhué G, Hamek S, Hassler S, Boog C, Lamy JB, Duclos C, Venot A, Darmoni SJ. Design and usability study of an iconic user interface to ease information retrieval of medical guidelines. J Am Med Inform Assoc 2014;21(e2):e270-7

Boîtes arc-en-ciel

Les boîtes arc-en-ciel (Rainbow boxes) sont une nouvelle technique de visualisation d'information pour visualiser des ensembles non-disjoint (ou chevauchant). Il s'agit de représenter plusieurs éléments et plusieurs ensembles composés de ces éléments ; un exemple type est la présentation des propriétés des acides aminés (voir image ci-dessous). Dans ce cas, les éléments sont les acides aminés et les ensembles les différentes propriétés (petite taille, charge positive, groupe aromatique, etc).

J'ai inventé cette technique de visualisation lors du projet VIIIP (Visualisation Intégré et Interactive de l'Innovation Pharmaceutique), financé par l'ANSM en 2013 et que j'ai coordonné. Les boîtes arc-en-ciel ont tout d'abord été appliquées à la comparaison des propriétés des médicaments : il s'agissait de comparer les contre-indications, les effets indésirables, etc, d'un nouveau médicament avec 1 à 9 médicaments similaires déjà existants, afin d'aider un médecin à se faire sa propre opinion sur le nouveau médicament.

Par la suite, les boîtes arc-en-ciel ont été appliqué à la visualisation d'extrait de Gene Onotology. Elles ont également été étendues pour permettre la traduction visuelle du raisonnement d'un perceptron, avec une application en antibiothérapie.

Principales publications sur ce sujet : (voir toutes mes publications)

Lamy JB, Berthelot H, Capron C, Favre M. Rainbow boxes: a new technique for overlapping set visualization and two applications in the biomedical domain. Journal of Visual Language and Computing 2017;43:71-82

Lamy JB, Berthelot H, Favre M, Ugon A, Duclos C, Venot A. Using visual analytics for presenting comparative information on new drugs. J Biomed Inform 2017;71:58-69

Lamy JB, Berthelot H, Favre M. Rainbow boxes: a technique for visualizing overlapping sets and an application to the comparison of drugs properties. International Conference Information Visualisation (iV) 2016;253-260

Lamy JB, Tsopra R. Translating visually the reasoning of a perceptron: the weighted rainbow boxes technique and an application in antibiotherapy. International Conference Information Visualisation (iV) 2017;256-261, Best paper

Opérationnalisation des ontologies

Afin de répondre au problème que je rencontrais pour utiliser des ontologies formelles (en OWL) dans un langage objet (tel que Python), j'ai mis au point le module Owlready. Ce module permet la programmation orientée ontologie en Python : les classes et les individus OWL peuvent être manipulés comme s'il s'agissait de classes et d'instances Python.

Principales publications sur ce sujet : (voir toutes mes publications)

Lamy JB. Owlready: Ontology-oriented programming in Python with automatic classification and high level constructs for biomedical ontologies. Artif Intell Med 2017;80:11-28

Lamy JB. Ontology-Oriented Programming for Biomedical Informatics. Stud Health Technol Inform 2016;221:64-68

Méta-heuristiques

Depuis peu, je m'intéresse également aux méta-heuristiques et aux algorithmes inspirés de la nature. Mes travaux ont conduits à la mise au point d'un algorithme inspiré du comportement des pigeons.

Principale publication sur ce sujet : (voir toutes mes publications)

Lamy JB. Les oiseaux picorant artificiels : une nouvelle méta-heuristique inspirée du comportement des pigeons. Actes des Journées d'Intelligence Artificielle Fondamentale (JIAF) 2017

Aide à la décision médicale

J'ai travaillé sur l'aide à la décision médicale dans le contexte des maladies chroniques, notamment au cours des projets de recherche ASTI 2 et ASTI 3.

Ces travaux se poursuivent désormais au travers du projet PEPS, portant sur la prévention des maladies cardio-vasculaires, et du projet européen DESIREE, sur le cancer du sein.

Principales publications sur ce sujet : (voir toutes mes publications)

Lamy JB, Ebrahiminia V, Riou C, Séroussi B, Bouaud J, Simon C, Dubois S, Butti A, Simon G, Favre M, Falcoff H, Venot A. How to translate therapeutic recommendations in clinical practice guidelines into rules for critiquing physician prescriptions? Methods and application to five guidelines. BMC Medical Informatics and Decision Making 2010;10:31

Lamy JB, Ugon A, Berthelot H, Favre M. A visual decision support system for helping physicians to make a decision on new drugs. Decision Support Systems VII. Data, information and knowledge visualization in decision support systems, Lecture Notes in Business Information Processing 2017;282, Springer

Logiciels libres

Je suis un fervent utilisateur et programmeur de logiciels libres. En plus des jeux vidéos (détaillés ci-dessous), j'ai programmé Songwrite 3, un éditeur de tablatures et de partitions musicales, BibReview, un gestionnaire de base bibliographique pour le Yearbook de l'IMIA, PyMedTermino, un module Python pour accéder aux terminologies médicales,...

Lyre et harpe médiévales, reconstitution historique

Après avoir jouer de la guitare pendant des années, sans jamais parvenir à maîtriser la technique, j'ai finalement construit mon propre instrument : une lyre médiévale ! Ce joli instrument permet de jouer des mélodies douces comme la harpe, mais aussi des rythmiques d'accord comme la guitare. C'est aussi un très bon instrument pour composer et écrire des chansons.

Ensuite, j'ai fabriqué une harpe médiévale lors d'un stage avec Sylvestre Charbin. Je suis toujours dans l'apprentissage de cet instrument.

Je joue occasionnelement dans des fêtes médiévales avec l'association Fief et Chevalerie. J'ai également joué au Lavomatic tour !

Observation des oiseaux

J'aime aussi observer les oiseaux !

2001-2003 : recherche sur les appartements intelligents pour la santé

Lors de mes stages de DEA et de 5ème année de pharmacie recherche, j'ai travaillé sur le concept d'appartement intelligent pour la santé au sein de l'équipe AFIRM du laboratoire TIMC-IMAG, à Grenoble, sous la direction de Vincent Rialle.

Mes recherches ont notamment portées sur la reconnaissance et la reconstitution en 3D de scénarios de la vie quotidienne ou correspondant à des comportements pathologiques, ainsi que la visualisation de l'appartement en réalité augmentée. L'écriture des scénarios s'est réalisée lors d'un stage à Sherbrooke (Québec), encadré par Hélène Pigot.

Principale publication sur ce sujet : (voir toutes mes publications)

Rialle V, Lamy JB, Noury N, Bajolle L. Telemonitoring of patients at home: A Software Agent approach. Comput Methods Programs Biomed 2003;72(3):257-268

2000-2009: Jeux vidéos et logiciel libre

Dans le monde du logiciel libre, j'ai réalisé plusieurs jeux vidéo (dans l'ordre chronologique : Arkanae, Slune, Balazar et Balazar Brothers) et un moteur de 3D (Soya). Ces logiciels sont toujours disponibles ici. Mon goût pour les langages de programmation simples et orientés objets m'a conduit à être l'un des premiers à developper des jeux et des applications dans ces langages (Java puis Python).

J'ai été très impliqué dans l'association Nekeme Prod., qui avait pour objectif de développer et de soutenir les jeux vidéo libres.

J'ai participé à différentes conférences ou salons du libre en France (RMLL, Rencontres Mondiales du Logiciel Libre, Solutions Linux, Game Over, Libr'East...).

2008-2010: les années Zaurus

J'ai été un utilisateur du Zaurus !