Présentation à ICABME 2019 !
J'ai présenté mes travaux sur l'aide à la décision visuelle pour le traitement du cancer du sein, lors du congrès ICABME 2019 à Tripoli.
Mon papier était intitulé "Hierarchical visual case-based reasoning for supporting breast cancer therapy". Il est disponible ici et la présentation là.
Owlready2 0.21 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Cette nouvelle version corrige plusieurs bogues et inclut désormais Pellet 2.3.1 (la même version que dans Protégé) et non la version 2.4 (qui semble présenter des problèmes avec certains "builtins" SWRL).
Voici les modifications :
Use Pellet 2.3.1 (same version as Protégé) instead of 2.4 (which has a bug in SWRL for many builtin predicates including equals and matches)
Much faster mangement of annotations on relations
Bugfixes: - Fix bug on blank node in RDFlib/SPARQL support - Fix bug on blank node deletion in RDFlib/SPARQL support - Fix data loss in Restriction modification - Fix 'no query solution' error in search() - Fix literal support in RDF lists, causing "TypeError: '<' not supported between instances of 'NoneType' and 'int'" when saving ontologies - Fix DifferentFrom SWRL builtin - Fix string parsing in SWRL rules - Fix string and boolean literal representation (str/repr) in SWRL rules - Fix the inverse of subproperties having a symmetric superproperty
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Nouvel article "Une plateforme multimodale d’aide à la décision"
J'ai publié un nouvel article :
[j49] Séroussi B, Lamy JB, Prebet C, Ngo C, Teixeira L, Ugarriza A, Sekar B, Larburu N, Muro N, Guézennec G, Bouaud J. Une plateforme multimodale d’aide à la décision : Application à la prise en charge du cancer du sein dans le cadre du projet DESIREE. Technique et Science Informatiques (TSI) 2019;accepté
Oiseaux : Lyon
Observation d'oiseaux à Lyon (Parc de la Tête-d'Or).
Espèces photographiées (13): Aigrette garzette, Canard du Cap (x3), Dendrocygne fauve, Dendrocygne veuf, Flamant rose (x2), Grue cendrée (x2), Grue demoiselle (x4), Héron cendré, Héron garde-boeuf, Ibis sacré (x2), Oie cendrée (x2), Pélican blanc, Pivert (2x)
Présentation et prix à MEDINFO 2019 !
J'ai présenté mes travaux sur l'utilisation d'icônes VCM pour naviguer dans les terminologies médicales, notamment en pharmacovigilance, lors de MEDINFO 2019.
Mon article était intitulé "An iconic approach to the browsing of medical terminologies". Il est disponible ici et la présentation là.
Et j'ai obtenu le prix du meilleur article (Best paper award, premier prix) !
Livre "Python et les ontologies"
Mon livre "Python et les ontologies" est sorti aux éditions ENI.
Ce livre (310 pages) s'adresse à toute personne qui souhaite apprendre à utiliser le langage Python (en version 3) et le module Owlready2 pour manipuler et construire des ontologies, c'est-à-dire des connaissances structurées accessibles par un ordinateur, dans le but de les publier sous forme de sites web dynamiques et d'effectuer des raisonnements automatiques. Il intéressera plus particulièrement les informaticiens et développeurs pour le web sémantique ou encore les scientifiques dans le domaine de l'intelligence artificielle ou du biomédical.
Après une introduction sur les ontologies et sur le module Owlready qui permet la programmation orientée ontologie, les deux chapitres qui suivent donnent au lecteur quelques rappels sur Python et sur les ontologies OWL. L'auteur présente ensuite les bases d'Owlready et montre comment accéder à des ontologies existantes en Python, comment en créer et en modifier et comment gérer des classes et des constructeurs logiques.
Deux chapitres sont ensuite consacrés à des fonctions spécifiques que peuvent offrir les ontologies : le raisonnement automatique et la gestion du texte (multilinguisme, recherche textuelle). Pour finir, l'auteur traite de points plus spécifiques comme les terminologies médicales, la création de classes mixtes Python-OWL et l'accès direct aux triplets RDF.
Basé notamment sur de nombreux exemples d'applications en lien avec le domaine biomédical, ce livre montre comment construire une petite ontologie des bactéries, comment l'intégrer à un site web dynamique et comment l'utiliser pour l'aide à la décision. D'autres exemples s'appuient sur des ontologies et des ressources de référence telles que Gene Ontology, UMLS (Unified Medical Language System) et DBpedia.
A l'issue de la lecture de ce livre, le lecteur sera ainsi en mesure d'intégrer des ontologies à ses applications et sites web Python. Des éléments complémentaires sont disponibles en téléchargement.
Plus d'informations sur le site de l'éditeur :
https://www.editions-eni.fr/livre/python-et-les-ontologies-9782409020223
Owlready2 0.20 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Cette nouvelle version corrige un bogue important dans le support d'UMLS.
De plus, elle ne considère plus comme fonctionnelles les propriétés associées à des restrictions de type exactly-1 ou max-1. Cette fonctionnalité s'avère en pratique plus gênante qu'autre chose. Si nécessaire, vous pouvez revenir au comportement précédent de la manière suivante :
import owlready2.prop owlready2.prop.RESTRICTIONS_AS_FUNCTIONAL_PROPERTIES = True
Voici les modifications :
Add support for undoable destroy_entity()
Small database optimizations
No longer treat properties associated with exactly-1 or max-1 restriction as functional properties, returning single values instead of a list
Bugfixes: - Fix performance bug on UMLS mapping in PyMedTermino
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
