Owlready2 0.22 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Voici les modifications :
Add support for disjoint unions (Class.disjoint_unions)
Add deepcopy support on class constructs, and automatically deep-copy constructs when needed (i.e. no more OwlReadySharedBlankNodeError)
Support the creation of blank nodes with RDFlib
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Roman "Sombre comme l'Aurore"
Mon roman "Sombre comme l'Aurore - La légende de Tienn Halidenn" est sorti aux Éditions du 38. Il s'agit d'un roman d'apprentissage et d'une histoire d'amour dans un univers de fantasy. Mais cet univers est la métaphore de notre monde, et l'on y retrouve des questions très actuelles, comme la mondialisation et les migrations. L'imaginaire devient alors un moyen d'aborder ces questions autrement, en s'affranchissant des préjugés existants.
La Citadelle est si élevée que le Haut et le Bas forment deux mondes à part.
En Haut, les hommes ont des ailes et vivent dans le royaume enchanté du Roi de Saphir. En Bas, la ville médiévale est dirigée par les devins élus à la Loge, et ses habitants subissent les exactions de la Reine Noire, la Reine du Mal à l'inquiétant Fusil… Seul le Donjon de la Monte, équipé d'une minuscule nacelle-ascenseur, relie encore ces deux mondes.
Dans la ville Basse, Tienn Sanzelle, fils de voleur, a obtenu de la main agile de son père une place d'assistant à la Loge, tandis que ses amis d'enfance suivent des chemins différents : Rakenn part en Haut pour devenir sorcier, Alyse est écuyère au Chapitre de chevalerie et le Capitann aide son père à tenir sa boutique.
En Haut, Crépusculine, la fille du Roi, est fascinée par le monde d'en Bas. Au point de s'enfuir et de descendre seule. Elle rencontre alors le fils du voleur…
Les amours de Tienn et de Crépusculine pourraient bouleverser à jamais la Citadelle. Mais les amours verticales sont-elles encore possibles ?
Plus d'informations sur le site de l'éditeur :
https://www.editionsdu38.com/imaginaire/207-sombre-comme-l-aurore-la-legende-de-tienn-halidenn.html
Quelques photos du Liban
De passage à Tripoli pour le congrès International Conference on Advances in Biomedical Engineering (ICABME) 2019, puis à Beyrouth pour travailler avec un doctorant, voici quelques photos du Liban !
Présentation à ICABME 2019 !
J'ai présenté mes travaux sur l'aide à la décision visuelle pour le traitement du cancer du sein, lors du congrès ICABME 2019 à Tripoli.
Mon papier était intitulé "Hierarchical visual case-based reasoning for supporting breast cancer therapy". Il est disponible ici et la présentation là.
Owlready2 0.21 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Cette nouvelle version corrige plusieurs bogues et inclut désormais Pellet 2.3.1 (la même version que dans Protégé) et non la version 2.4 (qui semble présenter des problèmes avec certains "builtins" SWRL).
Voici les modifications :
Use Pellet 2.3.1 (same version as Protégé) instead of 2.4 (which has a bug in SWRL for many builtin predicates including equals and matches)
Much faster mangement of annotations on relations
Bugfixes: - Fix bug on blank node in RDFlib/SPARQL support - Fix bug on blank node deletion in RDFlib/SPARQL support - Fix data loss in Restriction modification - Fix 'no query solution' error in search() - Fix literal support in RDF lists, causing "TypeError: '<' not supported between instances of 'NoneType' and 'int'" when saving ontologies - Fix DifferentFrom SWRL builtin - Fix string parsing in SWRL rules - Fix string and boolean literal representation (str/repr) in SWRL rules - Fix the inverse of subproperties having a symmetric superproperty
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Nouvel article "Une plateforme multimodale d’aide à la décision"
J'ai publié un nouvel article :
[j49] Séroussi B, Lamy JB, Prebet C, Ngo C, Teixeira L, Ugarriza A, Sekar B, Larburu N, Muro N, Guézennec G, Bouaud J. Une plateforme multimodale d’aide à la décision : Application à la prise en charge du cancer du sein dans le cadre du projet DESIREE. Technique et Science Informatiques (TSI) 2019;accepté
Oiseaux : Lyon
Observation d'oiseaux à Lyon (Parc de la Tête-d'Or).
Espèces photographiées (13): Aigrette garzette, Canard du Cap (x3), Dendrocygne fauve, Dendrocygne veuf, Flamant rose (x2), Grue cendrée (x2), Grue demoiselle (x4), Héron cendré, Héron garde-boeuf, Ibis sacré (x2), Oie cendrée (x2), Pélican blanc, Pivert (2x)
Présentation et prix à MEDINFO 2019 !
J'ai présenté mes travaux sur l'utilisation d'icônes VCM pour naviguer dans les terminologies médicales, notamment en pharmacovigilance, lors de MEDINFO 2019.
Mon article était intitulé "An iconic approach to the browsing of medical terminologies". Il est disponible ici et la présentation là.
Et j'ai obtenu le prix du meilleur article (Best paper award, premier prix) !
Livre "Python et les ontologies"
Mon livre "Python et les ontologies" est sorti aux éditions ENI.
Ce livre (310 pages) s'adresse à toute personne qui souhaite apprendre à utiliser le langage Python (en version 3) et le module Owlready2 pour manipuler et construire des ontologies, c'est-à-dire des connaissances structurées accessibles par un ordinateur, dans le but de les publier sous forme de sites web dynamiques et d'effectuer des raisonnements automatiques. Il intéressera plus particulièrement les informaticiens et développeurs pour le web sémantique ou encore les scientifiques dans le domaine de l'intelligence artificielle ou du biomédical.
Après une introduction sur les ontologies et sur le module Owlready qui permet la programmation orientée ontologie, les deux chapitres qui suivent donnent au lecteur quelques rappels sur Python et sur les ontologies OWL. L'auteur présente ensuite les bases d'Owlready et montre comment accéder à des ontologies existantes en Python, comment en créer et en modifier et comment gérer des classes et des constructeurs logiques.
Deux chapitres sont ensuite consacrés à des fonctions spécifiques que peuvent offrir les ontologies : le raisonnement automatique et la gestion du texte (multilinguisme, recherche textuelle). Pour finir, l'auteur traite de points plus spécifiques comme les terminologies médicales, la création de classes mixtes Python-OWL et l'accès direct aux triplets RDF.
Basé notamment sur de nombreux exemples d'applications en lien avec le domaine biomédical, ce livre montre comment construire une petite ontologie des bactéries, comment l'intégrer à un site web dynamique et comment l'utiliser pour l'aide à la décision. D'autres exemples s'appuient sur des ontologies et des ressources de référence telles que Gene Ontology, UMLS (Unified Medical Language System) et DBpedia.
A l'issue de la lecture de ce livre, le lecteur sera ainsi en mesure d'intégrer des ontologies à ses applications et sites web Python. Des éléments complémentaires sont disponibles en téléchargement.
Plus d'informations sur le site de l'éditeur :
https://www.editions-eni.fr/livre/python-et-les-ontologies-9782409020223