J'ai publié un nouvel article :

[j49] Séroussi B, Lamy JB, Prebet C, Ngo C, Teixeira L, Ugarriza A, Sekar B, Larburu N, Muro N, Guézennec G, Bouaud J. Une plateforme multimodale d’aide à la décision : Application à la prise en charge du cancer du sein dans le cadre du projet DESIREE. Technique et Science Informatiques (TSI) 2019;accepté

J'ai présenté mes travaux sur l'utilisation d'icônes VCM pour naviguer dans les terminologies médicales, notamment en pharmacovigilance, lors de MEDINFO 2019.

Mon article était intitulé "An iconic approach to the browsing of medical terminologies". Il est disponible ici et la présentation là.

Et j'ai obtenu le prix du meilleur article (Best paper award, premier prix) !

Mon livre "Python et les ontologies" est sorti aux éditions ENI.

Ce livre (310 pages) s'adresse à toute personne qui souhaite apprendre à utiliser le langage Python (en version 3) et le module Owlready2 pour manipuler et construire des ontologies, c'est-à-dire des connaissances structurées accessibles par un ordinateur, dans le but de les publier sous forme de sites web dynamiques et d'effectuer des raisonnements automatiques. Il intéressera plus particulièrement les informaticiens et développeurs pour le web sémantique ou encore les scientifiques dans le domaine de l'intelligence artificielle ou du biomédical.

Après une introduction sur les ontologies et sur le module Owlready qui permet la programmation orientée ontologie, les deux chapitres qui suivent donnent au lecteur quelques rappels sur Python et sur les ontologies OWL. L'auteur présente ensuite les bases d'Owlready et montre comment accéder à des ontologies existantes en Python, comment en créer et en modifier et comment gérer des classes et des constructeurs logiques.

Deux chapitres sont ensuite consacrés à des fonctions spécifiques que peuvent offrir les ontologies : le raisonnement automatique et la gestion du texte (multilinguisme, recherche textuelle). Pour finir, l'auteur traite de points plus spécifiques comme les terminologies médicales, la création de classes mixtes Python-OWL et l'accès direct aux triplets RDF.

Basé notamment sur de nombreux exemples d'applications en lien avec le domaine biomédical, ce livre montre comment construire une petite ontologie des bactéries, comment l'intégrer à un site web dynamique et comment l'utiliser pour l'aide à la décision. D'autres exemples s'appuient sur des ontologies et des ressources de référence telles que Gene Ontology, UMLS (Unified Medical Language System) et DBpedia.

A l'issue de la lecture de ce livre, le lecteur sera ainsi en mesure d'intégrer des ontologies à ses applications et sites web Python. Des éléments complémentaires sont disponibles en téléchargement.

Plus d'informations sur le site de l'éditeur :

https://www.editions-eni.fr/livre/python-et-les-ontologies-9782409020223

J'ai présenté mes travaux sur les boîtes arc-en-ciel au congrès International Conference Information Visualisation (iV) 2019.

Le premier article est intitulé "Visual explanation of simple neural networks using interactive rainbow boxes" et disponible ici et la présentation là.

Le second article est intitulé "Proportional visualization of genotypes and phenotypes with rainbow boxes: methods and application to sickle cell disease" et disponible ici et la présentation là. Il s'agit d'un travail en collaboration avec un doctorant et des collègues Sénégalais et le CERPAD.

J'ai présenté des travaux sur l'apprentissage de préférences au congrès Ingénierie des Connaissances (IC) 2019, lors de la Plateforme Francophone d'Intelligence Artificiel (PFIA).

L'article est intitulé "Apprentissage de préférences à partir d'une ontologie formelle : méthodes et application en antibiothérapie" et disponible ici et la présentation là.

J'ai publié un nouvel article :

[j51] Lamy JB, Tsopra R. RainBio: Proportional visualization of large sets in biology. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics 2020;26(11):3285-3298

J'ai publié un nouvel article :

[j48] Lamy JB. Visualizing undirected graphs and symmetric square matrices as overlapping sets: Methods and application to character co-occurrences graphs and matrices in novels and DBpedia. Multimedia Tools and Applications 2019;78(23):33091-33112

J'ai publié un nouvel article :

[j47] Tsopra R, Sedki K, Courtine M, Falcoff H, De Béco A, Madar R, Mechaï F, Lamy JB. Helping GPs to extrapolate guideline recommendations to patients for whom there are no explicit recommendations, through the visualization of drug properties. The example of AntibioHelp® in bacterial diseases. Journal of the American Medical Informatics Association 2019;26(10):1010-1019

J'ai présenté mes travaux sur l'utilisation des boîtes arc-en-ciel pour la visualisation des algorithmes quantiques au congrès International Conference on Information Visualization Theory and Applications (IVAPP) 2019.

Mon article est intitulé "Dynamic software visualization of quantum algorithms with rainbow boxes" et disponible ici et la présentation là.

J'ai donné une intreview sur mes thématiques et travaux de recherche à l'Institut Carnot.

L'interview "Visualisation et ontologies : outils indispensables des industries" est en ligne ici :

https://www.carnot-interfaces.fr/2019/02/01/visualisation-et-ontologies-outils-indispensables-des-industries/

J'ai publié un nouvel article :

[j43] Lamy JB, Sekar B, Guezennec G, Bouaud J, Séroussi B. Explainable artificial intelligence for breast cancer: a visual case-based reasoning approach. Artificial Intelligence in Medicine 2019;94:42-53

J'ai publié un nouvel article :

[j42] Sekar B, Lamy JB, Larburu N, Seroussi B, Guézennec G, Bouaud J, Muro N, Wang H, Liu J. Case-based decision support system for breast cancer management. International Journal of Computational Intelligence Systems 2018;12(1):28-38

J'ai présenté mes travaux sur les boîtes arc-en-ciel au congrès Information Visualisation (iV) 2018.

Le premier article "A new diagram for amino acids: User study comparing rainbow boxes to Venn/Euler diagram" est disponible ici et la présentation là.

Le second article "Visualizing symmetric square matrices with rainbow boxes: methods and application to character co-occurrence matrices in literary texts" est disponible ici et la présentation là. Et ce second article a obtenu un prix du meilleur article (Best Paper) !

J'ai publié un nouvel article :

[j40] Tsopra R, Lamy JB, Sedki K. Using preference learning for detecting inconsistencies in clinical practice guidelines: methods and application to antibiotherapy. Artificial Intelligence in Medicine 2018;89:24-33, IMIA Yearbook 2019 best paper in decision support